Ford Mustang первого поколения в процессе производства претерпел ряд модернизаций и нововведений. Первое незначительное нововведение произошло уже через год после старта выпуска Mustang.
В 1966 году произошли первые изменения внешности автомобиля. Обновилась решетка радиатора, боковая линия автомобиля и колесные арки автомобиля. Автомобиль получил больший выбор цветовых решений как экстерьера, так и интерьера. Радиосистема получила более развитую акустическую систему. Обновилась приборная панель: вместо старых приборов, которые перекочевали сюда из Falcon, появились новые. Солнечные козырьки стали входить в стандартное оснащение.
Видоизменился и логотип Mustang на задней двери автомобиля. На автомобилях 1965 года, на решетке радиатора была изображена бегущая лошадь в рамке; на автомобилях с 1966 года эта рамка была упразднена.
Когда Ford Mustang начали продавать в Германии, выяснилось, что слово Mustang уже зарегистрировано как торговая марка. Поэтому Ford Mustang получил название T-5.
В 1967 году состоялась очередная модернизация. Автомобиль Mustang первым из модельного ряда получил новый 8-цилиндровый двигатель V8. Изменения произошли и во внешности. Фары были утоплены в кузов, на боках автомобиля появились хромированные молдинги. Зеркала заднего вида стали квадратными. Автомобиль также получил 320-сильный двигатель от Ford Thunderbird. Мощ усмирялась коробкой передач с четырьмя скоростями. Время прохождения четверти мили составляло всего 13 секунд со скоростью на финише более 169 км/ч. Кстати, в 1968 году на Mustang был установлен 7-литровый двигатель мощностью 335 л.с.
В 1967 и 1968 году сильные изменения коснулись салона автомобиля. В салоне появились вставки из полированной нержавеющей стали, появилась новая обшивка салона. Появилась система кондиционирования, вновь обновилась акустическая система, она теперь стала стереофонической. Для модели фастбэк были предложены складывающиеся задние сидения. Версия кабриолета получила сворачиваемые стеклянные окна.
Вышла заряженная версия Mustang The California Special Mustang, который визуально был основан на модели Shelby. Модель продавалась только в западных штатах. Mustang фастбэк получил особую популярность после фильма Bullitt. Актер Стив Маквин сделал знаменитым фастбэк Mustang GT цвета Highland Green, на котором лейтенант Фрэнк Буллит преследовал двух наемных убийц на Dodge Charger.
В 1969 году была выпущена ограниченная серия Ford Mustang Mach 1 Special Edition. Колесная база автомобиля была увеличена на 97 мм, ширина автомобиля была увеличена 1 см. На модели были впервые использованы квадратные фары. В стандартном оснащении автомобиль приводился в движение двигателем V8 объемом 4,9 литра и мощностью 220 л.с. Позже были введены двигатели мощностью 250 и 290 л.с. Для любителей погорячее был предложен двигатель мощностью 335 л.с.
Двигатели имели сдвоенный выхлоп, выпуклые крылья. Автомобиль Ford Mustang Mach 1 Special Edition был обут в шины Goodyear Polyglas на стальных дисках. На крышке капота, черной как матовое стекло, появился ковшеобразный воздухозаборник, в стиле автомобилей NASCAR.
В 1970 году компания Ford выпустила ограниченную серию в 96 единиц Mustang Twister Specials, которая была выпущена специально для штата Канзас.
В 1974 году производство Ford Mustang было завершено. Ему на смену пришел новый Mustang, который не имел ничего общего с предыдущим мускулистым поколением