В конце 1997 года, в линейке автомобилей с четырьмя кольцами на решетке радиатора произошло обновление – появилась новая Audi A6 C5, именно та машина, которую рисует воображение при фразе Audi A6.
Новый автомобиль был построен на универсальной платформе Volkswagen Group C5. Была практически полностью обновлена линейка двигателей. Новый Audi A6 по качеству достиг уровня таких автомобилей, как BMW 5 и Mercedes E. Кузов был разработан итальянскими дизайнерами и обладал весьма низким коэффициентом лобового сопротивления, равным 0,28.
В 2000 и 2001 годах, Audi A6 попал в десятку лучших автомобилей года, по мнению авторитетного журнала Car and Driver. Audi A6 располагал, пожалуй, самым широким выбором двигателей: их предлагалось аж 12! К двигателям, помимо ручной коробки передач, предлагалась автоматическая коробка Tiptronic.
В 2002 году Audi A6 получила некоторую модернизацию. Были изменены фары, решетка радиатора, выхлопные трубы, обновились молдинги. Но изменения коснулись не только внешности. Из двигателей были удалены старые 1,8-литровые двигатели и заменены 2,0-литровыми. 1,9-литровый турбодизель был модернизирован, чтобы производить большую мощность. 2,4-литровый V6 получил лучшую балансировку и дополнительные 5 лошадиных сил. Двигатель, объемом 4,2 литра, установка которого на Audi A6 была начата в 2001 году, остался без изменений.
В этом же году появился революционный вариатор Multitronic, доступный на большинстве переднеприводных моделей. Все модели, кроме 1,9 TDI и бензинового 2,0, были доступны с полным приводом Quattro.
Оснащение Audi A6, как и положено автомобилю такого класса было весьма богатым. Климат-контроль, подушки безопасности, электропакет, электрорегулировки сидений и многое-многое другое.
Часть кузовных деталей изготавливалась из алюминия, остальные же имели отличную защиту оцинковки. В результате, автомобиль практически неубиваем с позиции коррозии. Автомобиль стал самым успешным в истории марки и продержался на конвейере до 2004 года.